Site officiel

http://www.gromacs.org/

Documentation

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Versions installées

Pour afficher la liste des versions installées sur le cluster, taper la commande
module avail gromacs

Pour chaque version de Gromacs, plusieurs versions du binaire sont installés. Pour utiliser Gromacs en version double précision, ajouter le suffixe _d, pour utiliser la version compatible MPI, ajouter _mpi. Un exemple avec la version MPI double précision de mdrun : mdrun_mpi_d.

Utilisation en mode interactif

• positionner l’environnement pour la version souhaitée
  • module load gromacs/4.5.5
• utiliser une des commandes Gromacs
  • mdrun -v -s traj.trr -o ...

Utilisation en mode batch

• Créer un fichier de soumission nommé mon_job, contenant par exemple :
• #!/bin/ksh #$ -q par2 -pe dmp 128 deb="158" fin="164" tpbconv -s HSP_300k_28.tpr -extend 500 -o HSP_300k_29.tpr mpiib mdrun_mpi -v -s HSP_300k_29.tpr -o HSP_2kho_ADP_300k_${deb}a${fin}ns.trr -c HSP_2kho_ADP_300k_${fin}ns.gro -cpi state_28.cpt -cpo state_29.cpt -e HSP_2kho_ADP_300k_${deb}a${fin}ns.edr -g HSP_300k_29
• charger l’environnement
  • module load gromacs/4.5.5
• soumettre le job
  • qsub mon_job